В 1680 г. стольник Ф. Д. Воейков с "товарищем" - сыном Андреем был назначен на должность Нерчинского воеводы и уже в феврале 1681 года находился на сужбе в Нерчинске..
Заступив на службу, прежде всего Ф.Д. Воейкову пришлось столкнуться с нарастающей военной угрозой со стороны маньчжурского Китая и проблемой подготовки нерчинских острогов к защите от внешнего врага.
Так прибывший 29 сентября 1681 г. "в Нерчинский острог с Науну реки от Богдойских Китайских воевод" казачий десятник Юшко Алексеев сын Лаба доложил воеводе Д.Ф. Воейкову о том, "что велит де богдокан и его Китайские воеводы с Зии реки с усть Долонца речки острог свести; а будет де того острогу с Долонца не сведут, и он богдокан и Китайские воеводы говорят и угрожают войною". Воевода срочно составил отписку о грозящей опасности в Москву, в которой подчеркивал, что "я холоп твой без твоего великого государя указу с Зии реки с усть Долонца речки острогу свесть не смею".
В июле 1682 г. в Нерчинский острог вернулся с Зеи сын боярский И.М. Милованов. Он сообщил воеводе, что Долонское зимовье "покинуто для того, что о том зимовье говорят безпрестани китайские люди болшою ссорою…".
Пытаясь обезопасить себя от внезапного нападения Ф.Д Воейков всеми силами и средствами вел наблюдение за действиями маньчжурского Китая. Так 3 января 1683г. он сообщал в Москву:
«…И в нынешнем же во 191 году, ноября в 23 день, послал я из Нерчинского острогу Нерчинских казаков, десятника казачья Юшку Алексеева сына Лабу, да вместо подьячего казака Андрюшку Васильева сына Кожевникова, да толмача Гришку Харитонова сына Кучю; да велел я ему Юшку взять из нового Аргунского острогу к себе в прибавку Аргунских казаков двух человек на Наун реку к Китайскому воеводе Асканбе для подлиннаго проведывания и от них Китайских людей воинского приходу, чтобы они Китайские люди под Даурские остроги войною безвесно не пришли …»
Стремясь повысить обороноспособность острогов воеводства Воейков докладывал царю Федору Алексеевичу:
«…А в Нерчинском и в Теленбинском и в Еравнинском и в Иргенском и в Новоаргунском острогах и в Итанцынском зимовье служилых людей малолюдство, толко двести два человека, и те служилые люди живут в разных острогах, а не в одном в Нерчинском остроге; а великого государя в казне в Нерчинском остроге пушек и пороху и свинцу мало; а которое мелкое ружье осталось от воеводы Афонасья Пашкова, и то ружье все перержавело, а иное попорчено и рваное и к стрелбе то ружье не годитца, и от приходу Китайских воинских людей мне великого государя Нерчинских и Албазинских острогов оборонить, за малолюдством, будет некем, и ныне я в Даурских острогах от приходу Китайских воинских людей живу с великим опасеньем; а бердышев и рогатин и топорков великого государя в казне и у Нерчинских казаков нет ничего; а у которых Нерчинских казаков пищали свои и есть, и то не у всех казаков добрые пищали, а для осадного времяни от неприятелских людей ручным боем оборонитца, будучи в осаде, нечем…»
Однако повышение обороноспособности без создания новых опорных пунктов - острогов и зимовий и укрепления существующих было не возможно.
Несмотря на проявляемую Нерчинскими и Албазинскими властями инициативу, контроль над возведением в Приамурье новых острогов осуществлялся администрацией Сибирского приказа.
28 февраля 1681 г., Нерчинский воевода Ф. Д. Воейков получил из Москвы грамоту, согласно которой ему вменялось в обязанность провести детальное описание бассейнов рек Зеи и Селемджи и поставить острог на реке Селемдже. Выполнение этой задачи было возложено в апреле 1681 г. на Нерчинского сына боярского Игнатия Милованова. На р. Зее, выше Долонского он построил новое ясачное Зейское зимовье и в феврале 1682 г. прислал Ф. Д. Воейкову в Нерчинск "чертеж" и описание зейских острогов, ясачных зимовий и пахотных угодий по рекам Зее и Амуру, которые были направлены в Москву.
13 июня 1681 г. Ф.Д. Воейков отпустил казачьего десятника Василия Милованова с десятью служилыми и девятью охочими промышленными людьми по их челобитью на р. Аргунь для сбора ясака с тунгусов намясинского рода. Воевода велел им поставить там острог. 6 сентября того же года В. Милованов сообщил в Нерчинск о постройке на реке Аргунь острога "со всякою острожною крепостью" и о приведении в подданство двух родов тунгусов.
В 1681 г. Ф.Д. Воейков назначил управляющим Албазинским острогом своего сына А.Ф. Воейкова. Под его руководством силами служилых и "промышленных" людей весной 1682 г. там был возведен новый острог. Причем полное описание всех укреплений, которые предстояло построить, с указанием размеров он послал отцу в Нерчинск еще в ноябре 1681 г. Описание крепости 1684 г. свидетельствует о том, что проект был реализован с незначительными отклонениями в размерах башен.
В 1683 г. отряд казаков и промышленных людей во главе с Фроловым, отпущенный Ф.Д. Воейковым, при устье р. Дуки, основал Дукинское зимовье. Это зимовье стало самым крайним к востоку от Албазина.
Для обеспечения служилого сословия хлебным жалованием, в то время его привозили из Удинска и из Баргузина «с трудностью великою» и «ценой великою». Первые успехи в земледелии в Нерчинском уезде были достигнуты еще при Пашкове, но потом, по словам Воейкова, "извели хлеб Нерчинские приказщики Ларион Толбузин с товарищи своим нерадением".
Вступив в должность Ф.Д. Воейков начал организацию казенной пашни. Особенно Воейков преуспел в опытных посевах пшеницы, овса, ячменя и гречихи вблизи Нерчинска. В своей «отписке» в 1682 году Воейков сообщал, что нерчинская земля «подобна русским самым добрым землям» и что рожь родится «как на добрых землях в степных местах». Землепроходцы приносили на новые земли семена сельскохозяйственных культур из различных регионов России и высевали их «для опыту», а затем постепенно расширяли посевы культур, наиболее соответствующих местным природным условиям
О посевах вблизи Аргунского острога Воейков сообщал, что пахотные земли здесь «добрые и хлебородные» и что на них «для опыта» в 1681 г. было посеяно по пуду пшеницы, ячменя, гречихи и 2 пуда овса.
К отписке воеводы Ф. Воейкова прилагалась «скаска на писме» Никифора Сенотрусова о результатах опытных посевов 1681 года. Результаты посевов Никифора Сенотрусова составили: с пуда пшеницы – 11 пудов, с пуда ячменя – 12 пудов, с пуда конопли – 11 пудов, с пуда гороха – 10 пудов, с пуда гречихи – 30 пудов, «... а репу де он Микифор сеял по два года, и родилась де репа добра гораздо...».
Особенно интенсивно земледелие развивалось под Албазином. Уже в 1681 году нерчинский воевода Ф.Д. Воейков закупил там хлеб для уплаты жалования служилым людям. Иван Власов, сменивший на посту Ф.Д. Воейкова в совей отписке так оценил его деятельность по развитию хлебопашества: «…при нем заведена в Нерчинском уезде, вниз по Шилке реке и по иным местам, пашня, и на тех де пашнях хлеб родится добр и поселены де пашенные крестьяня…»
Еще одним направлением хозяйственной деятельности Ф.Д. Воейкова были поиск и добыча серебряной руды. В течении всего периода его нерчинского воеводства Воейков активно продолжил начатые его предшественниками поиски.
Царское правительство, понимая важность открытия в Даурии Култукского месторождения, стремилось приступить к его эксплуатации. Поэтому Нерчинский воевода Ф.Д. Воейков неоднократно получал из столицы предписание о строительстве на Аргуни сереброплавильного завода. Оправдывая свое промедление, Воейков в 1681 году писал: «я холоп твой из Нерчинского острогу на Аргуню реку, для плавки серебряной и иной руд и для опыту и подлинного розыску Нерчинских казаков к тем рудам в нынешнем во 190 году послать за малолюдством никоими мерами не смел, для того что в земле, Государь, стоит шатость и войны большие; а как, Государь, в Мунгальсих землях шатости и войны не будет, и я холоп твой на Аргуню реку для тех руд из Нерчинского острогу, для подлинного проведывания и опыту, пошлю Нерчинских казаков и рудознатных мастеров… А на Аргуне, государь, реке велел я холоп твой острог поставить, а тот, Государь, острог от той серебряной руды верст с 10».
Важным шагом хозяйственного укрепления Нерчинского карая стала выплавка железа. Она была организована в Телембинском остроге. Объем ее определялся нуждами воеводства В 80-х годах XVII в. Телембинский острог был единственным местом в Восточном Забайкалье, где добывалась железная руда и выплавлялось железо.
Увеличивающийся товарный оборот поставил на повестку дня вопрос об организации Нерчинской таможни. И в 1681 году Ф.Д. Воейкову было поручено ее создание.
Весной 1682 г. между албазинскими казаками и воеводой возник конфликт из-за того, что они самовольно поверстали в казаки 99 "гулящих людей" (их стало 200 человек) и требовали жалования на всех. Воейков платить не стал, и тогда албазинцы отказались отдать ему свой ясак. В конце концов воевода занял 300 руб. у торговых людей в Албазине и добавил 200 руб. своих денег, тем самым рассчитавшись с албазинцами, которые в свою очередь сразу же вручили ему ясак.
В 1683 г. Воейков был обвинен албазинскими служилыми людьми в категорически запрещенной торговле самогоном, натравливании на казаков крестьян и в итоге был смещен. В 1684 году Воейкова сменил воевода Иван Афанасьевич Власов. 29 мая 1684 г. он послал в Албазинский уезд его первого и последнего воеводу Толбузина, который начал свою деятельность со следствия о злоупотреблениях воеводы Воейкова и его сына.
С 29 мая по 22 июня 1685 г. в Албазине велся «розыск о злоупотреблениях» Федора Воейкова и его сына Андрея.
Осенью 1684 года по пути из Нерчинска в Москву теперь уже бывший Нерчинский воевода Ф.Д. Воейков был ограблен новоприборными казаками шедшими в Даурские остроги на пополнение, о чем сам в своей челобитной на имя царей Ивана Алексеевича и Петра Алексеевича писал: «…В нынешнем, государи, во 193 году ограбили меня холопа вашего новоприборные Тоболские и Тюменские и Верхотурские казаки, которые посланы на вашу великих государей службу в Даурские остроги, дощаник со всеми животами моими взяли, по подводу Енисейского сына боярского Данила Яковлева сына Строгонова; а я холоп ваш от них от казаков и женишка моя и детишка от смертнаго убивства на великую силу одва ушли в лес в болото…»
В 1689 г. Федор Дементьевич Воейков воевода Ржевский
